En el Atlántico existen humedales que hacen parte integral de las cuencas hidrográficas y son considerados de gran importancia desde el punto de vista biológico e hídrico, los cuales cubren una amplia área del sur y del oeste del departamento.

Para el Atlántico se identificaron 8 áreas prioritarias con un total de 27.733 ha. La CRA ha declarado 4 áreas protegidas: DMI Luriza, PNR, Los Rosales, DMI El Palomar, DMI Palmar del Tití, cubriendo una extensión de 5.956 ha de la prioridad ecosistémica Complejo de bosques y arbustales secos del corredor Turbaco-Canalete-Tubará. Del área total en prioridades ecosistémicas esta pendiente establecer estrategias de conservación y protección en 21.782 ha.

 El área de mayor extensión es el Complejo de Bosques y Arbustales Secos del Corredor Turbaco-Canalete- Tubará. El ecosistema mejor representado en este sitio es el arbustal en lomerío con 6.194 ha y con una meta de conservación del 78%. Los niveles de intervención en esta área prioritaria son considerables; se deben primordialmente al aumento de pastos para ganadería y a áreas con vegetación secundaria. Igualmente, para el departamento se identificó la existencia de los ecosistemas de bosques y arbustales inundables que tienen como meta de conservación para el Caribe del 100%.

Se encuentra representado en el área prioritaria Complejo Cenagoso de El Uvero-La Poza, sitio que se caracteriza por ser un complejo de humedales que han sido reemplazados, en gran parte, por áreas agrícolas y pastizales para la ganadería debido a la fertilidad de los suelos y al acceso directo al agua, desplazando los bosques y arbustales aledaños. Entre las especies endémicas o amenazadas se destacan árboles maderables como el guayacán de bola (Bulnesia arborea), el florazul (Guaiacum officinale), y el olla de mono (Lecythis minor); aves como la guacharaca (Ortalis garrula), el pavón colombiano (Crax alberti), el chamón caribeño (Mothhrus aeneus) y la guacamaya macao (Ara macao) y mamíferos como el “tití cabeza blanca” (Saguinus oedipus) y el mono cotudo (Allouatta seniculus) presentes en las zonas arbustivas y boscosas.

En el área costera se destaca la Región Mahates con 164 hectáreas, representando objetos de conservación como playas de baja energía y acantilados de roca blanda, con una meta de conservación del 30%.